《办法》指出，水资源税的纳税人为直接从江河、湖泊（含水库、引调水工程等水资源配置工程）和地下取用水资源的单位和个人；征税对象为地表水和地下水，不包括再生水、集蓄雨水、海水及海水淡化水、微咸水等非常规水。水资源税实行从量计征，应纳税额=实际取用水量×适用税额。
水资源税根据水资源状况、取用水类型和经济发展等情况实行差别税额。国家统一明确各省、自治区、直辖市水资源税最低平均税额标准，具体适用税额由各省、自治区、直辖市确定。同时，要求对取用地下水、水资源严重短缺和超载地区取用水从高确定税额。例如，四川、上海等13个省份的地表水最低税额不得低于0.1元/立方米，而北京则高达1.6元/立方米。
《办法》对规定限额内的农业生产取用水等五种情形，免征水资源税；对超出规定限额的农业生产取用水以及农村集中饮水工程取用水，授权地方减免水资源税；对用水效率达到国家用水定额先进值的相关纳税人，减征水资源税。
2016年，水资源税改费试点率先在河北开展，一年后，拓展至北京、天津、山西、内蒙古、山东、河南、四川、陕西、宁夏等9个省份。2019年8月，《中华人民共和国资源税法》正式通过，水资源税被纳入法律范畴，为全面费改税提供了坚实的法律基础。
中国政法大学财税法研究中心主任施正文对界面新闻表示，对于广大企业和普通居民而言，水资源费改税并不会带来显著的实际负担变动，民众的日常用水价格亦将维持稳定。改革的核心目的与导向在于充分发挥税收的调节作用，促进水资源的集约化利用。
“那些积极采取节水措施的企业将会得到政策上的鼓励与支持，与之相对的，水资源消耗量大且采用粗放型发展模式的企业则会面临更为严格的限制与约束。”施正文说。他特别指出，《办法》对洗车、洗浴、高尔夫球场、滑雪场等特种取用水从高确定税额，这有利于促进水资源的可持续利用。
另外，值得注意的是，2008年11月印发的《水资源费征收使用管理办法》指出，水资源费属于政府非税收入，全额纳入财政预算管理，并按照1∶9的比例分别上缴中央和地方国库。而此次全面实施水资源费改税试点后，水资源税收入将全部归属地方。
长江证券分析师徐科在研报中指出，水资源税收入不用实施央地分享后，更有利于调动地方政府的积极性，保障其管理水资源和保护开发的职责。
施正文表示，全面实施水资源费改税试点是深化财税体制改革的重要举措之一。党的二十届三中全会对深化财税体制改革进行了全面部署，明确提出要“落实水资源刚性约束制度，全面推行水资源费改税”，“完善绿色税制”。这一改革将有利于完善以资源税、环境保护税为主体“多税共治”，以系统性税收优惠政策“多策组合”的绿色税收体系，支持我国经济社会绿色转型，助力美丽中国建设。
