2024年9月24日晚，中央纪委国家监委网站发布消息，海关总署党委委员、副署长孙玉宁涉嫌严重违纪违法，目前正接受中央纪委国家监委纪律审查和监察调查。
孙玉宁成为近年来海关系统在反腐风暴中落马的最高级官员，他也是今年以来中央纪委国家监委通报审查调查的第42名中管干部。
公开简历显示，孙玉宁为汉族，1965年7月生，即将年满60岁。吉林舒兰人，1985年8月参加工作，1988年9月加入中国共产党，省委党校大学学历。
孙玉宁早年曾任长春海关关税统计处综合统计科副科长；长春海关综合统计处副处长；长春海关货运监管处副处长（主持工作），1998年升任长春海关所属长白海关关长。2004年开始，孙玉宁担任长春海关副关长，2012年升任满洲里海关关长、党组书记。3年后，他又调任郑州海关担任关长、党组书记。
2018年开始，孙玉宁调任大连海关担任关长、党委副书记，并于2020年10月进京出任海关总署副署长、党委委员。
海关总署是国务院直属机构，为正部级。海关总署内设署长1名，副署长4名，政治部主任（副部长级）1名。目前，海关总署各地共设有42个直属机构，孙玉宁任职过的长春海关、满洲里海关、郑州海关、大连海关都在其中。
孙玉宁属于任上落马，其被查的消息公布后，海关总署网站已经删除了有关他的个人介绍。
在海关总署工作期间，孙玉宁曾多次出席公开会议和新闻发布会。2023年3月20日，国新办举行“权威部门话开局”系列主题新闻发布会，孙玉宁表示，过去五年，跨境电商从2018年进出口1万亿元人民币增长到2022年的2.11万亿元人民币。海关要在优服务上“出实招”，优化海外仓申报流程，服务企业进一步扩大出口。
2022年9月，国务院启动第九次大督查，孙玉宁也曾担任第十四督查组组长赴云南展开督查工作。孙玉宁当时表示，督查组将聚焦稳增长、稳市场主体、稳就业保民生、保产业链供应链稳定、深化“放管服”改革优化营商环境等重点工作。
公开信息显示，2024年1月，孙玉宁曾主持召开了海关总署全面从严治党工作会议。会议强调，做好2024年海关全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作，要坚持源头治理，零容忍铲除腐败滋生的土壤和条件；坚持精准施策，全方位扎紧制度笼子，一体推进不敢腐、不能腐、不想腐，打造“清风国门”。
去年以来，海关系统掀起反腐风暴，各地和总署已有多名官员被查，海关总署直属机构中也有青岛海关原关长贺水山、拱北海关原关长周斌、厦门海关原关长柏华冰等高级官员落马。2024年以来，海关系统又有多人被查，包括石家庄海关原二级巡视员许凤仪、南宁海关原二级巡视员莫丽、呼和浩特海关关长李建伟等。海关总署也有财务司原二级巡视员荀亚忠被查。
尤其是孙玉宁曾工作过的大连海关，除了曾担任关长的周斌外，大连海关所属大东港海关原党委书记、关长邓国风，大连海关所属大窑湾海关原党委委员、副关长宫国政和大连海关综合业务处原副处长王辉3人也在2023年10月因严重违纪违法被开除党籍和公职。
2023年1月30日，中央纪委国家监委网站曾刊文《党的二十大以来海关系统5名局处级干部被审查调查，一刻不停重拳惩腐从严治关》。其中指出，海关系统反腐败形势依然严峻复杂，仍需警惕各类腐败风险。
文章称，“党的二十大以来，驻海关总署纪检监察组会同地方纪委监委对胡文海、窦树龙等5名局处级干部进行审查调查，发布宇方成、张炳政、王洪等5名局处级干部受到党纪政务处分信息，持续释放海关反腐败斗争一刻不停、永远吹冲锋号的强烈信号。”“党的十九大以来，我们联合地方纪委监委对24名海关局处级干部立案审查调查，形成了强有力震慑。2022年，全国海关立案294件、处分251人，共有146名干部主动投案或交代问题，同比增长23.7%。”驻海关总署纪检监察组有关负责人员在文章中称。
2024年1月12日，海关总署曾召开会议指出，必须准确把握海关反腐败斗争形势任务，清醒认识海关处在对外开放前沿，走私与反走私、“围猎”与“反围猎”、腐败与反腐败激烈交锋，清醒认识传统腐败行为还未得到彻底遏制，新型腐败、隐性腐败逐渐显现，遏制增量、清除存量的任务依然艰巨。
今年4月，根据党中央关于巡视工作统一部署，中央第五巡视组巡视海关总署党委工作动员会召开。根据巡视工作条例规定，中央巡视组主要受理反映海关总署党委领导班子及其成员、下一级党组织主要负责人和重点岗位人员问题的来信来电来访，重点是关于违反政治纪律、组织纪律、廉洁纪律、群众纪律、工作纪律和生活纪律等方面的举报和反映。